Jedním z předních úkolů evoluční biologie je odhalení vzájemných fylogenetických vztahů mezi všemi organismy, tzv. stromu života. K tomuto cíli spěje věda zrychlujícím se tempem – v poslední době jsme svědky revolučních pokroků nejen v molekulárněgenetických metodách, ale i v tvorbě sofistikovaného softwaru, který umožňuje zpracování obrovského množství získaných dat. Jeho dostupnost však bohužel často svádí k postupu založenému na principu „vlož data – stiskni knoflík – publikuj výsledky“, aniž by bylo zřejmé, proč byla použita ta která metoda a jakým způsobem lze získané výsledky (případně rozdíly mezi nimi) interpretovat. Tato kniha přináší přehled a stručný popis v současnosti nejpoužívanějších metod fylogenetické analýzy. Měla by poskytnout základní informaci o tom, z jakých předpokladů jednotlivé metody vycházejí, v čem spočívají jejich výhody a nevýhody a v čem se liší. Autorovým cílem je, aby byl čtenář schopen činit poučená rozhodnutí při výběru optimálního přístupu k řešení daného problému a pro daný typ dat, stejně jako získané výsledky správně vyložit. Kniha je určena studentům a vědeckým pracovníkům širokého spektra evolučních oborů včetně systematické biologie, biogeografie, vývojové a behaviorální biologie, ekologie a ochranářské genetiky. Essentials of Phylogenetic Analysis Inferring phylogenetic relationships among all living organisms, the Tree of Life, is one of the most important tasks of evolutionary biology. Recently we have been witnessing revolutionary progress in molecular genetic methods, from sequencing genes to whole genomes. Advances in hardware and software now allow processing immense amount of data. Due to this progress we can get more precise and accurate phylogenies which, in turn, enable discovery and understanding of many biological processes on various levels of life. However, the methodological progress in phylogenetics and the expanding range of its applicability entail higher demands on our understanding of basic principles of applied methods and at least elementary knowledge of underlying evolutionary processes and mechanisms. This book presents an overview and brief description of the most frequent methods of phylogenetic inference. It should provide basic information on underlying assumptions of these methods, their advantages and disadvantages, and differences between them. The text should help readers to make informed decisions in choosing an optimal approach for solving a given problem and for a given type of data as well as in correct interpretation of the results. The book begins with an overview of the types of data for phylogenetic analysis, databases and sequence alignment, followed by methods of parsimony, evolutionary models, distance methods, likelihood, Bayesian inference, testing hypotheses, and comparing phylogenies. A separate chapter is focused on phylogenetic methods based on morphological data. The final part deals with the theory of coalescent which is essential for an array of population genetic analyses including new approaches to phylogeography.