Román Chrám svätého Izáka zastihuje dvoch mužov - otca a syna - na ceste k vzájomnému pochopeniu, ktorá trvá už bezmála štyridsať rokov.
Ovdovený muž prekoná mozgovú príhodu av nemocnici sa len ťažko zotavuje - myseľ sa mu vracia zmätene, s bolestnými spomienkami, a blízkosť smrti v ňom prebúdza túžbu zblížiť sa so synom, s ktorým sa v deň manželkinho pohrebu definitívne rozišiel kvôli názorom na Boha a vieru. Syn pracuje ako Zlatica na kupolu chrámu svätého Izáka v Petrohrade, kde vrcholia prípravy na veľkolepé oslavy tristo rokov od založenia mesta. A práve do Putinovej ríše sa otec vydá, aby sa ešte raz ako zaťatý ateista pokúsil presvedčiť syna o svojej pravde: "Boh neexistuje. Všetko končí smrťou, po nej už nič nepríde. "
Podarí sa osamelému otcovi zorientovať sa v troch veľkých neznámych - viere, veku a Rusku -, aby dokázal znovu nájsť cestu k svojmu synovi, hoci je dlhá a spletitá, rovnako ako stavba chrámu svätého Izáka?